菌種制作是草菇栽培的重要環節，采用人工培育的純菌種栽培草菇，出菇快、產量高、品質好。菌種培養條件28～30℃,10～15d。草菇原種生產主要有麥粒菌種。棉籽殼菌種和草料菌種3種。麥粒菌種的配方為麥粒87%、礱糠5%、稻草粉5%、石灰2%、石膏或碳酸鈣1%；棉籽殼菌種配方為棉籽殼70%、干牛糞屑16%、礱糠5%、米糠或麩皮5%、石灰3%、石膏1%；草料菌種的配方為2～3cm長的短稻草77%、麩皮或米糠20%、石膏或碳酸鈣1%、石灰2%。培養基含水量65%左右，培養條件為28～30℃，750ml的菌種瓶或12cm×25cm的塑料菌種袋培養20d左右。

　　草菇菌種的保存應在15℃條件下，3個月左右轉管一次，各不同菌株要嚴格標記、分開保存，菌株混雜會引起拮抗作用，不能形成子實體。