播種后20天左右，菌絲長到整個培養料的2/3時開始覆土。覆土是栽培上非常重要的一環，覆土土質的好壞直接影響姬松茸的產量和質量。覆土對姬松茸主要起到4個方面的作用：
(1)覆土層內土壤微生物活動能刺激誘導姬松茸子實體的形成。
(2)覆土后，料面和土層的通氣性能降低，菌絲在代謝過程中所產生的二氧化碳不能很好的散發，改變了氧氣和二氧化碳的比例。一定濃度的二氧化碳可促進子實體的形成。
(3)覆土后，料面和土層內部能夠保持一個相對穩定的小氣候，加之要向土層噴灑大量的水分，使姬松茸菌絲在水分充足的條件下，持續不斷地形成子實體。
(4)覆土對料面菌絲的機械刺激和噴水的刺激都可促進子實體形成，并支持菇體。姬松茸不覆土不出菇，要求選用保水通氣性能較好的土粒用作覆土，不能用太堅硬的砂土。一般采用田底土、泥炭土或人造土(取河泥、塘泥并加入牛糞粉和石灰粉進行堆漚，經1個月后即可使用，pH值9左右)。覆土前一天將土調至含水量為70%～75%。覆土采用平鋪方式或鋸齒式，即先在料面上覆上一層1厘米左右的土粒后，每間隔10～15厘米做一寬10厘米、高5厘米的土坎，厚度約3～4厘米。
